Na zriadení Pôdohospodárskej platobnej agentúry pracovalo Ministerstvo pôdohospodárstva a rozvoja vidieka SR od januára 2003 (.rtf, s. 20). Na konci roka 2003 bol prijatý zákon č. 473/2003 Z. z., na základe ktorého bola 1. decembra 2003 zriadená Pôdohospodárska platobná agentúra (PPA). Určité funkcie mohla PPA začať vykonávať až od 1. júla 2004 po vstupe Slovenska do Európskej únie. Zriadenie PPA bolo jednou z podmienok pre čerpanie podpory z európskych fondov (.rtf, s. 20). Na administráciu a kontrolu prideľovaných dotácií PPA využíva tzv. register pôdnych blokov a ich dielov (LPIS), ktorý začal fungovať v polovici roku 2004. Výrok hodnotíme ako pravdivý.

V rámci príprav na vstup do EÚ prijalo Ministerstvo pôdohospodárstva a rozvoja vidieka SR "Návrh ďalšieho postupu a organizačno-technických opatrení na zabezpečenie zriadenia a budovania Pôdohospodárskej platobnej agentúry", v ktorom bol určený harmonogram úloh potrebných na zriadenie PPA.
Od 1. januára 2004 sa Intervenčná poľnohospodárska agentúra agentúra SAPARD a Sekcia pôdohospodárskej platobnej agentúry MP SR zlúčili a stali sa súčasťou PPA.