Kauza eurofondov vypukla v júni 2017 po zverejnení neschválených projektov v rámci Žiadosti o nenávratný finančný príspevok na podporu dlhodobého strategického výskumu a vývoja v oblasti špecializácie RIS3 SK. Rektori slovenských univerzít spoločne s predsedom Slovenskej akadémie vied reagovali otvoreným listom, v ktorom žiadali ministra školstva Plavčana o prehodnotenie výsledkov hodnotenia projektov a urýchlené korektné vyhodnotenie nezávislými expertami a prešetrenie celej výzvy. Rektorov univerzít a predsedu SAV pohoršila skutočnosť, že dotácie na vedu a výskum dostali aj firmy, ktoré výskum nikdy nerobili a nemajú na to potrebné zabezpečenie. Naopak, vedecké parky slovenských univerzít a ich výskumné projekty neboli podporené. Kauza vyústila do odstúpenia vtedajšieho ministra školstva Plavčana v auguste 2017 a zastavením eurofondových výziev. Najvyšší kontrolný úrad v novembri 2017 prešetril žiadosti na podporu priemyselných výskumno-vývojových centier a dlhodobého strategického výskumu a konštatoval, že výskumná agentúra porušila princípy objektívnosti a transparentnosti. V novembri 2017 vyhlásilo Ministerstvo školstva opätovnú možnosť čerpania eurofondov v operačnom programe Výskum a inovácie, avšak s pozmenenými pravidlami.