V návrhu zmien v daňovo-odvodovom systéme (.pdf) sa na strane deväť nachádza bod, ktorý skutočne hovorí o zrušení zamestnaneckej prémie.

Tiež je pravdou, že zamestnanecká prémia bola určená pre „slabo zarábajúcich ľudí.“ (hnonline.sk)

Čo sa týka administratívnych nákladov týkajúcich sa zamestnaneckej prémie, tak v doložke (.pdf) o posúdení vplyvov zavedenia zamestnaneckej prémie sa počíta s administratívnymi nákladmi, ale tie je „potrebné vnímať v kontexte cieľov zamestnaneckej prémie, ktorým je zvýšenie ponuky práce a tým aj uspokojenie požiadaviek zamestnávateľov na vhodnú pracovnú silu“.

Pred zavedením zamestnaneckej prémie sa k administratívnym nákladom s ňou spojenými vyjadril napr. Eugen Jurzyca: „Riziko je, že administratívne náklady na opatrenie prevýšia jeho prínos (zavedenia zamestnaneckej prémie, pozn.).“ – INEKO (.pdf), str. 11). Po jej zavedení ich negatívne vníma Republiková únia zamestnávateľov: „...neraz sú administratívne náklady na ňu (zamestnaneckú prémiu, pozn.) vyššie ako jej samotný prínos“ – hnonline.sk).