Kontrolu NBÚ zabezpečujú dva výbor NR SR. Výbro na kontrolu činnosti NBÚ a výbor na preskúmavanie rozhodnutí. Ich práva a povinnosti upravuje zákon č. 215/2004 Z.z. o ochrane utajovaných skutočností.

Kontrola úradu Národnou radou Slovenskej republiky
§ 72
(1) Kontrolu činnosti úradu vykonáva Národná rada Slovenskej republiky, ktorá na tento účel
zriaďuje z poslancov osobitný kontrolný orgán (ďalej len "kontrolný orgán").
(2) Členovia kontrolného orgánu majú právo v sprievode príslušníka úradu vstupovať do
chránených priestorov úradu a oboznamovať sa s utajovanými skutočnosťami súvisiacimi s činnosťou
úradu, ak to nie je v rozpore s medzinárodnou zmluvou, ktorou je Slovenská republika viazaná.
(3) Porušenia tohto zákona, ktoré kontrolný orgán zistí pri výkone svojej právomoci, je povinný
oznámiť Národnej rade Slovenskej republiky a generálnemu prokurátorovi Slovenskej republiky; podľa
povahy veci informuje aj vládu Slovenskej republiky.
(4) Ak tento zákon neustanovuje inak, vzťahuje sa na konanie kontrolného orgánu a na jeho práva
a povinnosti jeho členov primerane osobitný predpis. 31)

Zákon ďalej neuvádza ku akým typom utajovaných skutočností majú kontrolné výbory prístup.