Nakoniec keď sa tvorila ústava, nikto nerátal s tým, že ju budeme niekoľkokrát musieť novelizovať kvôli Európskej únii. Kde sme museli časť niektorých článkov EÚ, slovenskej ústavy prispôsobiť rozhodnutiam EÚ.
Slovenská ústava (resp. niektoré ustanovenia) sa menila viackrát, pričom niekoľkokrát sa tieto zmeny týkali aj aproximácie (zosúlaďovania) slovenského právneho poriadku s právnym rámcom EÚ.
Prvá zmena súvisiaca s EÚ (celkovo tretia, prvá zmena ústavy pojednávala o prenose kompetencií prezidenta v prípade ak by bol jeho úrad neobsadený, druhá zaviedla priamu voľbu prezidenta na päťročné obdobie) bola prijatá v roku 2001 zákonom č. 90/2001 Z. z. Jednalo sa o komplexnú zmenu ústavy, najmä v záujme vytvorenia právneho rámca pre úspešný vstup do NATO a EÚ. Zmeny sa týkali rozšírenia právomocí Národného kontrolného úradu SR, Ústavného súdu SR, táto zmena tiež upravila postavenie Národnej banky Slovenska, umožnila zriadiť inštitút ombudsmana či vytvorenie druhého stupňa samosprávneho členenia - VÚC.
Ďalšou zmenou, ktorá sa týkala aproximácie našej legislatívy s legislatívou EU bol zákon č. 323/2004 Z. z. (.pdf). Novela zaviedla zásadu inkompatibility - nemožnosť vykonávať naraz mandát poslanca NR SR aj poslanca Európskeho parlamentu; taktiež stanovila ÚS SR ako kontrolný orgán volieb do EP.