Podľa dokumentov hlavného kontrolóra BSK bolo v skutočnosti len za roky 2011 a 2012 v BSK 70 skončených kontrol (začatých až 100). Od roku 2010 do roku 2012 bolo začatých 138 kontrol, pričom 108 bolo aj oficiálne skončených. Kontrolór samosprávneho kraja podáva dvakrát do roka správu o výsledkoch kontrolnej činnosti, ktorú následne predkladá krajskému zastupiteľstvu.
Správy však nemajú jednotnú podobu a nie je možné objektívne určiť, koľko kontrol sa týkalo chodu úradu (najmä tie nepriamo). Ďalším nedostatkom je že na stránke nie je zverejnená správa o kontrolnej činnosti za prvý polrok 2013, k dispozícií teda nemáme všetky potrebné dokumenty.
Kontroly sa vždy zameriavali na: "...predovšetkým na hospodárnosť, efektívnosť a účinnosť použitia a poskytnutia finančných prostriedkov, správnosť a oprávnenosť financovania bežných a kapitálových výdavkov, hospodárenie a nakladanie s majetkom BSK, na dodržiavanie zásad verejného obstarávania tovarov, prác a služieb, správnosť a úplnosť účtovníctva, správnosť zaraďovania a odmeňovania zamestnancov a plnenie opatrení prijatých na odstránenie nedostatkov a príčin ich vzniku, ktoré boli zistené prechádzajúcimi kontrolami."
Frešo však nepravdivo uvádza, že kontroly nenašli žiadne pochybenia.
Napr. Správa o výsledkoch kontrolnej činnosti UHK BSK za prvý polrok 2011 (.pdf) uvádza nasledovné pochybenia:
"Kontrolovaný subjekt v 6 prípadoch (číslo účt. dokladu D/0125/10, D/0131/10,
D/0154/10, D/0675/10 a D/0680/10) porušil ustanovenia § 9 ods.1 a 3 zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite a o zmene a doplnení niektorých zákonov tým, že nevykonával predbežnú finančnú kontrolu v čase prípravy finančnej operácie a jej vykonanie nevyznačil podpisom na doklade súvisiacom s pripravovanou finančnou operáciou. Uvedeným konaním zároveň porušil článok 5 časť A bod 1 Smernice č. 39/2007 BSK."
"Predbežná kontrola na doklade súvisiacom s pripravovanou finančnou operáciou nebola vykonaná pri zahraničnej pracovnej ceste do Rakúska zúčtovanej výdavkovým pokladničným dokladom č. 931 z 8. 6. 2010. Vyúčtovanie zahraničnej pracovnej cesty (uskutočnenej 4. 2. 2010) doklad č. 933 z 8. 6. 2010; vyúčtovanie bolo odovzdané do pokladne BSK 18. 2. 2010. Cestovné bolo vyplatené až 8. 6. 2010, zamestnávateľ tiež neposkytol zamestnancovi preddavok na zahraničnú pracovnú cestu. Zamestnávateľ je povinný do desiatich pracovných dní odo dňa predloženia písomných dokladov vykonať vyúčtovanie pracovnej cesty. V uvedenom prípade došlo k porušeniu § 36 ods. 8 zákona č. 283/2002 o cestovných náhradách.Tým, že kontrolovaný subjekt, neposkytol pracovníkovi preddavok na náhrady, porušil § 36 ods. 1 zákona č. 283/2002 Z. z. o cestovných
náhradách."
"Výdavkový pokladničný doklad č. 999 z 21. 6. 2010 (vyúčtovanie pracovnej cesty – Šoporňa, 14. - 15. 6. 2010); na cestovnom príkaze chýba dátum a podpis pracovníka, ktorý upravil vyúčtovanie a podpis schválenia finančnej operácie. Pri podpise pracovníka oprávneného na povolenie cesty ako aj zodpovedného pracovníka chýba dátum. Účtovná jednotka porušila ustanovenie § 10 ods. 1 písm. f) zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v znení neskorších predpisov tým, že nezabezpečila podpisový záznam osoby zodpovednej za účtovný prípad. Uvedeným spôsobom kontrolovaný subjekt porušil tiež internú smernicu č. 28/2005 upravujúcu obeh a likvidáciu účtovných dokladov BSK."
Ďalej správa o výsledkoch kontrolnej činnosti UHK BSK za druhý polrok 2011 (.pdf) uvádza:
"Pri úhrade jednej faktúry a v prípade jedného pokladničného dokladu, kontrolovaný subjekt porušil ustanovenia § 9 ods. 1 zákona č. 502/2001 Z. z. o finančnej kontrole a vnútornom audite tým, že nevykonal predbežnú finančnú kontrolu v čase prípravy finančnej operácie. Kontrolovaný subjekt nepostupoval v súlade s článkom 5 časť A bod 5 smernice č. 59/2010 o vykonávaní predbežnej a priebežnej finančnej kontroly na Úrade BSK, pretože na jednej objednávke chýbajú dátumy a podpisy oprávnených osôb a s článkom 5 časť A bod 1 citovanej smernice, lebo v etape prípravy finančnej operácie, týmto konaním nevykonal predbežnú finančnú kontrolu, ktorá je zameraná na oblasť plánovania, rozpočtovania, verejného obstarávania, uzatvárania zmlúv alebo iných úkonov majetkovej povahy."