Nedá sa povedať, že by súčasný minister dopravy Počiatek projekt Filiálky obhajoval. Na základe štúdie realizovateľnosti ju navrhol vyradiť z opačného programu dopravy.
V rokoch 2006 - 2010 pôsobil ako minister dopravy Ľ. Vážny. Operačný program doprava na roky 2007 - 2013 z augusta 2007 neobsahuje zmienku o projekte Filiálka. Obsahuje však zmienku o projekte osi 4 Integrovaná doprava TEN-T. Filiálka sa v dokumente priamo nespomína, no bola súčasťou tohoto projektu. Ján Figeľ projekt podporoval, dokonca v roku 2012 vyhlásil na projekt súťaž.
Aktuálny minister Počiatek však už projekt Filiálky neobhajoval. Na základe štúdie, ktorá vyhodnotila Filiálku ako rizikovú z ekonomického a technického pohľadu, čo ohrozovalo schválenie Európskou komisiou, ju navrhol vyradiť a namiesto tohto projektu navrhol presunúť peniaze na hromadnú dopravu do Bratislavy a Košíc.