Problémy s integrovanou dopravou na území BSK trvajú od spustenia III. etapy Integrovaného dopravného systému v Bratislavskom kraji (IDS) v novembri 2015 (kedy bol okrem iného zavedený jednotný cestovný lístok) až do súčasnosti. Súladu grafikonov sa priamo týkajú nedostatočná prepojenosť dopravcov zapojených do systému, a teda dlhá doba čakania pri prestupoch a nedostatočné nadväzovanie dopravných spojov. Plán dopravnej obslužnosti Bratislavského kraja (PDO) schválený v máji 2017 sa primárne zameriava práve na zlepšenie integrácie jednotlivých cestovných poriadkov a zvýšenie počtu spojov. Výrok Juraja Drobu je pravdivý. 

I. etapa Integrovaného dopravného systému bola spustená 1. júna 2013, jej koordinátorom a realizátorom je spoločnosťou Bratislavská integrovaná doprava, a.s. (BIS). Charakteristikou takéhoto systému dopravy sú jednotné prepravné a tarifné podmienky. Vznikol jeden cestovný lístok IDS, ktorý je možné používať za rovnakých prepravných podmienok u rôznych dopravcov. Od počiatku boli do systému zaradení traja dopravcovia: Dopravný podnik Bratislava, Slovak Lines a Železničná spoločnosť Slovensko. V roku 2018 sa do IDS  má zapojiť aj dopravca RegioJet.

Najväčšie zmeny dosiaľ priniesla III. etapa IDS, ktorá začala 1. novembra 2015. Patrí medzi ne napríklad rozšírenie systému na celý kraj a rozdelenie BSK na jednotlivé tarifné zóny (.pdf), vydanie nového cenníka a prepravného poriadku IDS, vznik novej webovej stránky, loga a infolinky, (.pdf, s. 10-13). V praxi to vyzerá tak, že cestujúci môžu v rámci kraja a jedného cestovného lístku využívať mestskú hromadnú dopravu (MHD), prímestské autobusy a vlaky. Druh lístka sa volí podľa toho, koľko zón a za aký čas chcú cestujúci precestovať.

Nový systém bol však od svojho spustenia rozsiahle kritizovaný. Medzi najčastejšie body kritiky patrili zvýšenie ceny cestovných lístkov, neprehľadnosť systému a absencia informačnej kampane, nemožnosť oddeliť cenu MHD od ceny prímestských vlakov a autobusov, absencia záchytných parkovísk, chýbajúce "označovače" lístkov na železničných staniciach, chybné lístky, či vypršanie platnosti lístka v prípade meškania spoja. Závažným problémom boli neskoordinované cestovné poriadky dopravcov zapojených do systému, teda práve chýbajúca integrácia grafikonov. V závislosti na to došlo k nenadväzovaniu dopravných spojov a zvýšeniu času čakania na prestup, najmä medzi vlakmi a autobusmi. Neprehľadnosť a vyššie ceny IDS kritizoval v roku 2015 vo svojom blogu aj Juraj Droba.

Podľa predsedu správnej rady Inštitútu pre dopravu a hospodárstvo Ondreja Mateja nebolo možné nový systém dopravy v BSK označiť ako integrovaný: „Teraz sa v Bratislave bavíme len o nejakom jednotnom cestovnom lístku, o nejakých trasách, na ktorých sa tvárime, že autobusy plynule nadväzujú na vlaky, ale vôbec to nie je pravda. Skôr mi to pripadá tak, že pod rúškom integrovanej dopravy sa len snažia dopravcovia získať viac peňazí od cestujúceho“, dodal.

Juraj Droba sa o problémoch s integráciou dopravy v BSK vyjadril opätovne v septembri 2017. Súhlasil s ním aj ďalší kandidát na predsedu BSK Rudolf Kusý. Podľa bývalého bratislavského primátora Milana Ftáčnika dodnes nebola vyriešená nedostatočná nadväznosť spojov a dĺžka prestupových časov. Pretrvávajúce problémy IDS potvrdzuje aj schválenie a zverejnenie strategického dokumentu rozvoja verejnej dopravy v kraji v máji 2017, spomínaný PDO, ktorý má tri etapy. "K východzím návrhom zmien v prvej etape patrí nastavenie intervalových cestovných poriadkov, zvýšenie počtu spojov a zlepšenie nadväznosti prímestskej autobusovej a železničnej regionálnej dopravy". Vybudovanie záchytných parkovísk je súčasťou až tretej fázy, ktorá má byť zrealizovaná najneskôr do roku 2030.