Iniciatíva na preverenie sporných výziev ministerstva školstva vyšla od samotného ministra školstva, ktorý Európsku komisiu (EK) požiadal o kontrolu. Ako je uvedené v dvoch listoch od EK, podrobné informácie o "rozkrádaní eurofondov" získala z novinových článkov v slovenských médiách publikovaných v najväčšej intenzite v júli 2017. Téma prerozdeľovania eurofondov v rámci operačného programu Výskum a inovácie (OP VaI) bola skutočne veľmi medializovaná. EK svojim prvým varovným listom konala preventívne v snahe zabrániť nesprávnej aplikácii výberových kritérií a vážnym finančným následkom. Druhý list z EK reagoval opäť na júlové články v médiách a bol rovnako preventívneho charakteru. Opozícia v danej veci okrem verejnej kritiky nehrala žiadnu rolu a ani nová ministerka školstva Martina Lubyová (nom. SNS) sa o nej v brífingu po návšteve Bruselu nezmienila. Preto hodnotíme výrok ako nepravdivý.

Bývalý minister školstva Peter Plavčan v reakcii na medializáciu problémov vo výberovom procese vo výzvach OP VaI na dlhodobý a strategický výskum (DSV) a na podporu priemyselných výskumno-vývojových centier (PVVC) požiadal EK o kontrolu. Ministerstvo školstva tak uviedlo v stanovisku z dňa 26. júla 2017.

Podpredseda SNS Paška "konaním v Bruseli" ďalej zrejme myslí varovný list Európskej komisie poslaný 3. augusta 2017, alebo ďalší list z dňa 21. augusta 2017. Oba listy majú podobné východiská a oba sa odvolávajú na informácie publikované v slovenskej tlači v júli 2017.

V prvom prípade išlo o odmietnutie vyplatenia eurofondov skôr, než ministerstvo školstva prijme určité nápravné a preventívne opatrenia v štyroch výzvach OP VaI. Tieto výzvy boli preventívne zablokované. Autor varovného listu pri zdôvodňovaní rozhodnutia odkázal na "novinové články publikované v júli 2017 týkajúce sa výberu projektov" v danom programe, obzvlášť vo výzve na dlhodobý a strategický výskum (DSV) a výzve na podporu priemyselných výskumno-vývojových centier (PVVC). EK list poslala konkrétne z dôvodu "možnej nesprávnej aplikácie metodológie a kritérií výberu projektov v rámci daných výziev (...), ktorá by mohla viesť k neoprávneným výdavkom Komisie..." Ani vo varovnom liste, ani v médiách nie je zmienka o tom, že by EK konala na podnet slovenskej opozície. Aj Lubyová vyhlásila, že list z Bruselu prišiel z dôvodu obáv EK a snáh o prevenciu pred ďalšími možnými problémami.

Druhý list z EK na Slovensko prišiel opäť v súvislosti s ministerstvom školstva a čerpaním eurofondov. Konkrétne išlo o problémy v operačnom programe Ľudské zdroje. Aj v tomto prípade sa autor listu odvolával na novinové články z júla 2017 a požadoval "písomné potvrdenie, že manažment a kontrolný systém ESF OP Ľudské zdroje (...) je dostatočne vybavený na zabránenie akýmkoľvek nezrovnalostiam s vážnymi finančnými následkami a akémukoľvek riziku podvodných aktivít". Ani s týmto listom teda opozícia nemala nič spoločné. Aj riaditeľ sekcie štrukturálnych fondov EÚ na ministerstve školstva Juraj Gmiterko posledný list označil za reakciu na prerozdeľovanie eurofondov na výskum a inovácie.

Lubyová už pri menovaní do úradu avizovala plán riešiť problém s eurofondami priamo v Bruseli. Na minulotýždňovom stretnutí s eurokomisárkou pre regionálnu politiku Corinou Cretuovou, a zástupcami DG Employment a DG Regio predstavila akčný plán, ktorý je založený na čo najväčšom posilnení transparentnosti výberového konania.