Ministerka spravodlivosti Lucia Žitňanská vyjadrila podporu myšlienke zriadenia spoločnej európskej prokuratúry, dokonca povedala, že počas slovenského predsedníctva by chcela vytvoriť kompletnú verziu tohto návrhu. Priority a program predsedníctvu bolo prezentované v parlamente v máji 2016, túto informáciu plénum prijalo s 85 hlasmi za. Konkrétne body programu predsedníctva boli schválené vládou len 30. júna.

Ministerka spravodlivosti Lucia Žitňanská predstavila priority slovenského predsedníctva v oblasti spravodlivosti a justície vo výboroch Európskeho parlamentu 12. a 13. júla 2016. Predtým, 7. a 8. júla absolvovala ministerka neformálne zasadnutie ministrov spravodlivostí členských krajín EÚ v Bratislave. Na tomto stretnutí sa vo svojom príhovore (.pdf) Žitňanská vyjadrila aj k téme zriadenia európskej prokuratúry:

"Jedným z najdôležitejších legislatívnych balíkov v oblasti trestného práva je v súčasnosti balík týkajúci sa ochrany finančných záujmov EÚ. V tomto kontexte bude zvýšená pozornosť počas nasledovných mesiacov venovaná najmä návrhu nariadenia o zriadení Úradu európskeho prokurátora (EPPO). Predchádzajúce predsedníctva dosiahli značné pokroky a s výnimkou niekoľkých ustanovení, dosiahla Rada koncepčnú dohodu takmer na celom texte nariadenia. V tomto štádiu rokovaní je potrebné sa sústrediť na dosiahnutie koherencie vo vzťahu k otvoreným problematickým otázkam, a následne pristúpiť k zhodnoteniu textu ako celku. Snahou slovenského predsedníctva bude pokročiť v rokovaniach čo najviac, zohľadňujúc aj konštruktívne názory vyjadrené v správe Európskeho parlamentu o EPPO."

O ambíciach slovenského predsedníctva  v tejto oblasti informovala ministerka takto: "Našou ambíciou je dostať za rokovací stôl kompletnú verziu po náročných rokovaniach (...) Všetci si uvedomujeme, že potrebujeme efektívny nástroj boja proti trestným činom, ktoré sa dotýkajú finančných záujmov EÚ-"

Ministri spravodlivosti sa dohodli, že treba ďalej pokračovať v debatách, hlavne o stanovení hmotnoprávnej kompetencie EPPO, aby inštitút európskej prokuratúry bol skutočne efektívnym nástrojom. 

Na webových stránkach slovenského predsedníctva sú uvedené ciele slovenského predsedníctva formulované všeobecne, ako nasledujúce štyri základné body: Hospodársky silná Európa, Moderný jednotný trh, Udržateľná migračná a azylová politika, Globálne angažovaná Európa. Na 4. schôdzi parlamentu, 14. mája 2016, informoval minister zahraničných vecí Miroslav Lajčák plénum o prioritách predsedníctva Slovenskej republiky v Rade Európskej únie. Vo svojom vystúpení sa k téme vyjadril takto: "...som rád, že môžem dnes tu na tomto mieste priblížiť súčasný stav príprav programu predsedníctva, ktorý bude vláda schvaľovať, ako som už uviedol, 30. júna 2016.(...) Pripomínam, že len týždeň pred začiatkom slovenského predsedníctva sa uskutoční referendum v Spojenom kráľovstve o zotrvaní v Európskej únii. (...) Termín schvaľovania programu slovenského predsedníctva je preto stanovený až na obdobie po tomto referende. (...) Vynaložíme maximálne úsilie na podporu európskych projektov, ktoré umožnia naplno využiť potenciál jednotného trhu a podporiť ho o nové piliere. Našou ambíciou bude presadzovať udržateľné riešenia, ktoré prispejú k ďalšiemu rozvoju Európskej únie a zabránia jej ďalšej fragmentácii."
Hlasovania o tomto uznesení sa zúčastnilo 130 poslancov, z nich 85 bolo za, 22 boli proti a 23 sa zdržali hlasovania. Poslanci z klubu Sme rodina, tak ako aj klub ĽSNS hlasovali proti uzneseniu.

Vo vystúpení Lajčáka absentovali konkrétne témy a priority jednotlivých ministerstiev, konkrétny program bol schválený vládou skutočne len 30. júna, čiže deň pred preberaním predsedníctva.