V roku 2002 sa stal poslancom NR SR za SDKÚ. V ďalších volebných obdobiach si takisto získal priazeň voličov. Popritom vykonával aj ďalšie funkcie - poradca predsedu vlády pre zdravotníctvo (2002-2006), predseda výboru NR SR pre zdravotníctvo (2006-2012). V novembri 2014 Novotný opustil stranu SDKÚ-DS. V súčasnosti pôsobí ako nezávislý poslanec Národnej rady SR a člen prípravného výboru politickej strany Šanca.