Po vymenovaní novej vlády pod vedením Roberta Fica 4. apríla 2012 do ministerského kresla zasadol Dušan Čaplovič, ktorý počas svojho funkčného obdobia plánoval zmeny v kľúčových školských zákonoch, jeho funkčné obdobie však bola poznačené viacerými škandálmi.

Jeho meno sa tiež spája s najväčším štrajkom učiteľov (7.5.2013), ktorého požiadavky však zostali nenaplnené. Čaplovičovi bolo počas jeho pôsobenia vyčítané taktiež plytvanie s finančnými prostriedkami, či niektoré tendre.

Dušan Čaplovič podal 2. júla 2014 demisiu a na jeho miesto zasadol Peter Pellegrini ktorý ohlásil príchod veľkých zmien v rezorte školstva. Malo ísť o zmeny v organizačnej štruktúre, personálne výmeny na dôležitých miestach, prepúšťanie zamestnancov a reorganizáciu podriadených subjektov. Spomínané reformy však nestihol dotiahnuť do konca a po piatich mesiacoch od svojho vymenovania rezort opustil aby nahradil Pavla Pašku, odstupujúceho z funkcie v súvislosti s prevalenou kauzou predraženého nákupu CT, vo funkcii predsedu parlamentu.

Na jeho miesto bol minulý rok v novembri dosadený nestraník Juraj Draxler, ktorý počas Pellegriniho funkčného obdobia pracoval ako jeho poradca, neskôr bol menovaný na funkciu štátneho tajomníka. Prišlo k zavedeniu systému duálneho vzdelávania, zmene vo výučbe cudzích jazykov, či najnovšie, sporné celoplošné prideľovanie identifikačných čísel žiakom a študentom od materskej až po vysokú školu, ktorým budú zaradení do rezortného informačného systému (RIS).

V nedávnej dobe čelil Draxler návrhu na vyslovenie nedôvery na svoj post ministra, ktorí podali 33 poslanci za SaS, KDH, OĽaNO spolu s časťou nezaradených zákonodarcov, pričom hlavným iniciátorom bola SaS. Príčinou odvolávania boli argumenty voči personálnemu riadeniu rezortu, situácia okolo EKOIUVENTY, či ministrovo konanie v kauze Metodicko-pedagogického centra. Za návrh na jeho odvolanie hlasovalo 35 poslancov zo 110 prítomných, proti návrhu bolo 75 poslancov. Draxler tým pádom ostáva členom vlády a ministrom školstva, vedy, výskumu a športu aj naďalej.