Na základe správy Najvyššieho kontrolného úradu, ktorá poukázala na chyby pri vyčíslení poskytnutej pomoci Ukrajine, začala Európska prokuratúra vyšetrovanie vo veci darovania vojenskej pomoci. Keďže Slovensko bolo za darovanie čiastočne kompenzované z európskeho mierového nástroja, prešetrenie využitia finančných prostriedkov spadá pod úlohy Európskej prokuratúry. Európska prokuratúra je povinná konať v prípade, že existuje podozrenie zo zneužitia finančných prostriedkov EÚ. Európsky prokurátor Novocký potvrdil, že rozhodnutie európskej prokuratúry vyšetrovať darovanie pomoci pre Ukrajinu nemá „nič spoločné so žiadnymi politickými prepojeniami alebo domnienkami o politickom vplyve.” Výrok poslanca Gašpara, v ktorom tvrdí, že Európska prokuratúra si narokom vybrala jediný prípad, v rámci ktorého bolo podľa neho možné obviniť bývalého ministra obrany Naďa, hodnotíme ako zavádzajúci. 

Európsky prokurátor Novocký potvrdil, že na základe záverov Najvyššieho kontrolného úradu začala prokuratúra vyšetrovať vojenskú pomoc, ktorú Slovensko poskytlo Ukrajine. Novocký uviedol, že na základe podozrenia vyplývajúceho zo správy sú povinní začať trestné stíhanie a vysvetlil, že: „Nemá to nič spoločné so žiadnymi prepojeniami alebo domnienkami o politickom vplyve. Toto absolútne nevnímame. No pokiaľ zistíme, že je tam podozrenie – naozaj hovoríme vo všeobecnej rovine o podozrení zo spáchania trestného činu – v zmysle nariadenia sme povinní začať trestné stíhanie.” Ďalej uviedol, že nie je možné prejudikovať, ako bude trestné stíhanie uzavreté. Novocký doposiaľ neposkytol médiám viac informácií, keďže ide o otvorené vyšetrovanie s utajovanými informáciami.

Najvyšší kontrolný úrad vo svojej správe o výsledku kontroly konštatoval, že v rokoch 2022 a 2023: „Vláda SR dostávala neúplné informácie o darovanom materiáli na Ukrajinu, schvaľovala len výšku finančnej pomoci bez ohľadu na to, o aký vojenský materiál išlo. Takto realizovaný proces darovania vojenského materiálu Ukrajine nebol transparentný (.pdf, s. 2).“ 

Slovensko bolo za darovanie kompenzované prostredníctvom európskeho mierového nástroja. Kontrolný úrad objavil nezrovnalosti medzi vyčíslením, ktoré Ministerstvo obrany SR uviedlo pre potreby európskeho mierového nástroja, a skutočnou hodnotou pomoci ako i spôsobom určenia hodnoty pomoci zo strany ministerstva (.pdf, s. 5). 

Európska prokuratúra začala svoju činnosť v roku 2021 a jej úlohou je viesť vyšetrovanie a trestné stíhanie, pričom vystupuje ako prokurátor na súdoch členských štátov. Do jej záberu spadajú prípady:

• cezhraničných podvodov v oblasti DPH s celkovou škodou min. 10 miliónov EUR

• výdavkov a colných podvodov

• korupcie, ktorá poškodzuje alebo môže poškodiť finančné záujmy EÚ

• zneužitia finančných prostriedkov alebo aktív EÚ verejným činiteľom

• prania špinavých peňazí

• akékoľvek iné trestné činy neoddeliteľne spojené s jednou z predchádzajúcich kategórií

• trestné činy týkajúce sa účasti v zločineckej organizácii, ak sa zameriava na spáchanie trestného činu v zmysle smernice o ochrane finančných záujmov.

Vyšetrenie nezrovnalostí, na ktoré upozornil Najvyšší kontrolný úrad, teda spadá pod Európsku prokuratúru kvôli kompenzáciám z európskeho mierového nástroja. Vyšetrovanie pomoci Ukrajine nie je jediný otvorený prípad na Slovensku. Len v apríli 2025 mali byť podľa slov prokurátora Novockého podané 3 až 4 žaloby, v roku 2024 otvorili celkovo 69 nových prípadov.

Najvyšší kontrólny úrad zverejnil v októbri 2024 správu o výsledku kontroly darovania vojenskej pomoci Ukrajine, v ktorej upozornil na nezrovnalosti v údajoch o darovanom majetku. Na prešetrenie podozrení z protiprávneho konania vo veci darovanej vojenskej pomoci bol v novembri 2024 na Úrade boja proti organizovanej kriminalite zriadený špeciálny vyšetrovací tím Darca. V marci 2025 bola v súvislosti s vyšetrovaním na rokovanie parlamentného výboru pre obranu a bezpečnosť predvolaná poverená policajná prezidentka Jana Maškarová, ktorá uviedla, že šesťčlenný vyšetrovací tím sa v súčasnosti zaoberá vyšetrovaním piatich rôznych línií. Práve jednu z nich si zobral na starosti európsky prokurátor Juraj Novocký, zatiaľ čo zvyšné spadajú pod domáce orgány. Podľa bývalého ministra obrany Jaroslava Naďa, ktorý stál v čele rezortu počas prešetrovaného obdobia, správa kontrolného úradu nie je kompletná. Naď tvrdí, že ministerstvo obrany malo úradu poskytnúť nepresné informácie.