Václav Klaus väčšinou svoj prísľub podpisu Lisabonskej zmluvy podmieňoval a namiesto priameho "nikdy nepodpíšem" bol jeho postoj skôr vyčkávací. Pred prezidentskými voľbami Klaus tvrdil, že nebude blokovať riešenie, na ktorom sa zhodne politická scéna. V novembri roku 2008 povedal, že Lisabonskú zmluvu podpíše až po tom, čo ju príjme Írsko, ktoré v lete 2008 zmluvu odmietlo v referende. V máji 2009, po tom, čo zmluvu schválili obe komory českého parlamentu, chcel Klaus s podpisom počkať až do rozhodnutia Ústavného súdu. Následne v októbri 2009, keď zmluvu ešte hodnotil Ústavný súd, Klaus pridal ďalšiu podmienku: v zmluve sa musí dodatkom ošetriť možnosť retroaktivity Listiny základných práv, a tak zamedziť otváraniu otázok tzv. Benešových dekrétov.

V októbri 2009 ale napríklad britský denník Times uverejnil informáciu, podľa ktorej mal Klaus tvrdiť, že Lisabon nikdy nepodpíše. Kancelária českého prezidenta túto správu odmietla komentovať.

Nakoniec Klaus podpísal zmluvu 3. novembra 2009, Česko tak bolo po Poľsku poslednou krajinou, ktorá Lisabon prijala.