Po prvom kole voľby generálneho prokurátora, ktoré sa konalo v novembri 2010 sa Rafaj vyjadril: "Nás by síce potešilo, keby táto antisociálna a antinárodná vláda padla, no neteší nás, že voľba generálneho prokurátora mala dehonestujúci charakter, keď si viacerí poslanci vládnej koalície fotografovali hlasovací lístok spolu s poslaneckým preukazom. Tajná voľba nebola tajnou voľbou, bola to len fraška zaznamenaná na niekoľkých desiatkach mobilných telefónov."

Ďalej sa Rafaj vyjadril, že došlo k procesným pochybeniam pri podávaní návrhu Jozefa Čentéša ako kandidáta na generálneho prokurátora. Podľa neho sa "takto stala celá voľba generálneho prokurátora nedôstojnou – namiesto toho, aby sme pozíciu generálneho prokurátora SR posilnili, súčasná vláda ju znižuje a silou-mocou si chce zvoliť vlastného koaličného generálneho prokurátora."

Po štvrtom kole, ktoré sa konalo v decembri 2010 sa predseda SNS Ján Slota vyjadril, že voľbu generálneho prokurátora považuje za protiústavný čin:

"Týmto krokom sme sa dostali o päťdesiat rokov dozadu, čiže do tých rokov komunistickej diktatúry. Je smutné, keď pani premiérka sa tu naparuje, aká je veľká demokratka a týmto činom sa skutočne priblížila boľševicko-fašistickým manierom,“
V rozhodnutí (pdf.) ÚS SR sa píše: 

"Národná rada extrémne, a teda ústavnoprávne neudržateľným spôsobom, zasiahla do ústavného princípu tajného hlasovania z 2. decembra 2010 tým, že ho nedostatočne zabezpečila a negarantovala jeho ústavne konformný priebeh, a to napriek tomu, že k podobným exesom už dochádzalo pri opakovanej prvej voľbe 4. novembra 2010, ktoré obe tajné hlasovania (tým pádom hrubé aj opakované porušenia) neboli konvalidované ani v rámci opakovanej druhej voľby 7. decembra 2010."