Vo volebnom programe SaS (.pdf) pre parlamentné voľby 2010 sa okrem iného píše:

94. bod programu

"Podľa článku 1 Ústavy sa Slovenská republika neviaže na nijakú ideológiu ani náboženstvo. Každý občan má slobodu náboženského vyznania vrátane jeho verejného prejavovania, účasti na bohoslužbách a na jeho vyučovaní, no využívanie tohto práva má ostať výlučne v oblasti jeho osobného života a nepresahovať do vytvárania pravidiel záväzných pre všetkých. Slovensko by malo mať naďalej právo pristupovať k medzinárodným dohodám so zástupcami cirkví, no len za predpokladu, že na ich základe nebude obmedzovaná jeho suverenita.

SaS navrhuje:

- Zrušiť priame financovanie cirkví zo štátneho rozpočtu a nahradiť ho rozšírením zoznamu

subjektov, ktoré môžu byť prijímateľom v rámci dobrovoľného poukázania časti dane

z príjmu fyzických osôb aj o registrované cirkvi. Po zavedení Odvodového bonusu budú

cirkvi financované z dobrovoľných príspevkov vo výške 1 % z príjmov fyzických osôb.

- Duchovných v ozbrojených silách zamestnávať len pre zahraničné misie.

- Umožniť uplatnenie výhrady vo svedomí zamestnancom, ak to majú zjednané v zmluve

so zamestnávateľom na základe obojstrannej dohody.

Týmito krokmi dáme cirkvám nezávislosť na štátnych dotáciách, odstránime nespravodlivý

prístup k rôznym skupinám platiteľov daní a zabezpečíme plné právo pre voľbu viery i svetonázoru pre každého občana Slovenska." Slovenska."

SaS navrhuje obmedziť väzby medzi štátom a cirkvou, čo však nemožno interpretovať ako proticirkevné zameranie. Tým by bola napríklad snaha o zakázanie cirkvy.