Vládny program protipovodňovej ochrany SR z roku 2000 sa neplnil, tak ako sa očakávalo. Vláda sa vtedy zaviazala preinvestovať 17 miliárd korún. Po silných povodniac, ktoré zasiahli mnohé európske štáty a tiež hrozilo, že sa v Bratislave vyleje Dunaj, sa protipovodňový program zvýšil na 21 miliárd korún. Do konca roku 2005 sa však na program vynaložilo o 6 miliárd menej, než sa plánovalo. Do roku  2005 bolo na program teda vynaložených iba 3,1 miliárdy namiesto 9,1 miliárdy. V návrhu štátneho rozpočtu na rok 2008 sa navrhovalo vyčleniť 1,6 miliárdy korún na realizáciu protipovodňových opatrení.

Na vodné hospodárstvo sa malo v roku 2010 vyčleniť 233,9 milióna eur (7,05 miliardy Sk). Prostriedky boli určené predovšetkým na budovanie a rekonštrukciu infraštruktúry vodného hospodárstva, ako sú napríklad preventívne protipovodňové opatrenia či dobudovanie a prevádzku povodňového varovného a predpovedného systému, ako aj na verejné vodovody a kanalizácie.