Existovali výhrady EK voči čerpaniu z ESF, hovorilo sa o nešpecifikovaných chybách. V máji a júni 2006 vykonala Európska komisia v súvislosti s čerpaním prostriedkov z Európskeho sociálneho fondu audit, ktorý konštatoval neuspokojivé výsledky. Kvôli ďalšiemu auditu platby z eurofondov pozastavili.