Meno Jaromíra Čižnára sa spomínalo v roku 2006 počas prvej vlády R. Fica ako vhodného kandidátna na post šéfa Slovenské informačnej služby. V roku 2009, po tom, čo sa uvoľnil post ministra spravodlivosti po Štefanovi Harabinovi, Čižnár dostal od Roberta Fica ponuku obsadiť tento post. Obe ponuky však Jaromír Čižnár odmietol z dôvodov, ktoré nechcel konkretizovať.