Daniel Lipšic pôsobil ako minister spravodlivosti od októbra 2002 - do februára 2006. Špeciálna prokuratúra vznikla 1.septembra 2004. K tomu istému dňu začala fungovať aj druhá nová zložka súdnej moci na Slovensku - Špeciálny súd. Špeciálny súd mal na starosti zvláštne prípady trestnej činnosti. Aj keď bol o niekoľko rokov oficiálne zrušený, na jeho miesto v zápätí nastúpila rovnaká inštitúcia, len s iným menom.