Ivan Gašparovič odmietol vymenovať Jozefa Čentéša za generálneho prokurátora, pokiaľ ÚS SR nerozhodne o tom, či bolo schválenie verejnej voľby v súlade s Ústavou SR. ÚS SR rozhodol o podnete prokurátora Tichého v októbri 2011, kedy konštatoval, že schválenie verejnej voľby generálneho prokurátora bolo v súlade s Ústavou SR.

SME: "kandidát koalície Jozef Čentéš bol právoplatne zvolený za generálneho prokurátora"

Prezident Jozefa Čentéša však nevymenoval. Ten v novembri 2011 napadol prezidentovu nečinnosť na Ústavnom súde SR. Ivan Gašparovič sa vyjadril, že o vymenovaní generálneho prokurátora sa rozhodne až po vynesení verdiktu ÚS SR o podnetoch Čentéša a Trnku. Sťažnosť vo veci vymenovania generálneho prokurátora podala na ÚS SR  aj skupina poslancov NR SR v marci 2012. Ivan Gašparovič ako dôvod nevymenovania Jozefa Čentéša uvádzal jeho nedôveryhodnosť.

V sťažnosti skupiny poslancov NR SR rozhodolÚS SR v októbri 2012 s tým, že prezident SR má právo zvoleného kandidáta nevymenovať:
"Prezident Slovenskej republiky je povinný zaoberať sa návrhom Národnej rady Slovenskej republiky na vymenovanie generálneho prokurátora Slovenskej republiky podľa čl. 150 Ústavy Slovenskej republiky, a ak bol zvolený postupom v súlade s právnymi predpismi, v primeranej lehote buď vymenovať navrhnutého kandidáta, alebo oznámiť Národnej rade Slovenskej republiky, že tohto kandidáta nevymenuje. 

Nevymenovať kandidáta môže len z dôvodu, že nespĺňa zákonné predpoklady na vymenovanie, alebo z dôvodu závažnej skutočnosti vzťahujúcej sa na osobu kandidáta, ktorá dôvodne spochybňuje jeho schopnosť vykonávať funkciu spôsobom neznižujúcim vážnosť ústavnej funkcie alebo celého orgánu, ktorého má byť táto osoba vrcholným predstaviteľom, alebo spôsobom, ktorý nebude v rozpore so samotným poslaním tohto orgánu, ak by v dôsledku tejto skutočnosti mohol byť narušený riadny chod ústavných orgánov (čl. 101 ods. 1 druhá veta Ústavy Slovenskej republiky). 
Prezident uvedie dôvody nevymenovania, pričom tieto nesmú byť svojvoľné."  

Na základe uvedeného Ivan Gašparovič 2. januára 2013 odmietol vymenovať Jozefa Čentéša za generálneho prokurátora a akodôvody uviedol:

• okolnosti poznačené korupciou pri voľbe generálneho prokurátora, v ktorej kandidoval a bol zvolený,
• nedôveryhodnosť z toho vyplývajúca,
• výroky nerešpektujúce pôsobnosť prezidenta a Ústavného súdu SR,
  
• neprejavenie dostatočnej zodpovednosti v súvislosti so skartovaním protokolov o výsluchu poslanca Igora Matoviča.

Od právoplatného zvolenia Jozefa Čentéša za generálneho prokurátora až po rozhodnutie Ivana Gašparoviča o jeho nevymenovaní uplynulo viac ako jeden a pol roka (564 dní). O sťažnosti Jozefa Čentéša na prezidenta Ivana Gašparoviča ÚS SR zatiaľ nerozhodol.

Na Jozefovi Čentéšovi ako spoločnom kanditátovi na post generálneho prokurátora sa vtedajšia koalícia dohodla v novembri 2010, tesne pred opakovanou tajnou voľbou generálneho prokurátora, v ktorej nakoniec nebol zvolený žiaden kandidát. V tejto voľbe za Čentéšovho protikandidáta Dobroslava Trnku hlasovalo aj niekoľko poslancov koalície, preto koalícia v druhom kole voľby generálneho prokurátora odovzdala prázdne hlasovacie lístky a voľbu generálneho prokurátora odtajnila prostredníctvom novely zákona o rokovacom poriadku. Túto novelu prezident Ivan Gašparovič nepodpísal. Následne sa Jozef Čentéš vzdal kandidatúry, nakoľko existovali podozrenia z korupčného správania a vydierania pri predchádzajúcej voľbe. Preto pri ďalšom hlasovaní v máji 2011 bol iba jeden kandidát na generálneho prokurátora, a to Dobroslav Trnka, ktorého opäť nezvolili. V súvislosti s touto voľbou podal Dobroslav Trnka podnet na ÚS SR, nakoľko podľa neho parlament zle zrátal hlasy. Tento podnet však ÚS SR odmietol v auguste 2011. V máji 2011 napadol  novelu zákona o rokovacom poriadku zastupujúci generálne prokurátor Ladislav Tichý a požiadal o predbežné opatrenie, aby sa verejné voľba prokurátora nemohla konať, kým ústavný súd nerozhodne v tejto veci. Jozef Čentéš prijal opätovne kandidatúru na generálneho prokurátora a koalícia zorganizovala tajnú voľbu prokurátora ešte predtým ako vyšlo v Zbierke zákonov SR predbežné opatrenie Ústavného súdu SR ohľadom verejnej voľby generálneho prokurátora. V tejto voľbe bol už Jozef Čentéš zvolený za generálneho prokurátora.