L. Žitňanská sa po zmenách v súdnictve pokúsila presadiť aj nové pravidlá pre prokuratúru, a tak zaviesť transparentnejšie výberové konania. Podľa SITA koalícia 2. júna 2011 schválila jej novelu zákona o prokuratúre, ktorou sa zavádzajú výberové konania na miesta prokurátorov, zverejňovanie uznesení prokuratúry či zrušenie inštitútu právnych čakateľov.

Podľa denníka SME však tieto zmeny 28. septembra 2011 zablokovali ústavní sudcovia, keď pozastavili účinnosť viacerých paragrafov tejto novely. Denník SME ďalej uvádza: "Zmeny na prokuratúre napadol na Ústavnom súde námestník generálneho prokurátora Ladislav Tichý. Podľa neho ministerstvo spravodlivosti pristúpilo k novele s jediným cieľom, získať zásadný vplyv na činnosť prokurátorov. Podľa neho si ministerstvo pletie prokuratúru so súdnictvom."