V roku 1990 Ján Budaj kandidoval ako líder VPN, avšak posledný deň pred voľbami z kanditátky odstúpil na základe informácie, že sa jeho meno nachádzalo v spisoch ŠtB.

V roku 1994 bol Ján Budaj podpredsedom DÚ, ktorá bola zvolená do NRSR.

Od roku 2000 je Ján Budaj členom Demokratickej Únie Slovenska. V roku 2002 táto strana kandidovala do parlamentu, tesne pred voľbami však odstúpila a svojim voličom odporučila voliť SDKÚ.

V roku 2006 Ján Budaj kandidoval neúspešne na kanditátke Slobodného Fóra. 

V roku 2010 Ján Budaj kandidoval neúspečne na post bratislavského primátora.

Nepodarilo sa nám nájsť žiadne zmienky o kandidatúre Jána Budaja do NRSR vo voľbách v rokoch 2010 a 1992, v roku 2000 a 1990 síce kandidoval, ale ešte pred voľbami svoju kandidatúru stiahol. Rovnako sa nám nepodarilo nájsť informácie, či Ján Budaj v rou 1994 skutočne kandidoval do NRSR.

Výrok Jána Budaja hodnotíme ako pravdivý.