Počas druhej Dzurindovej vlády, keď bol v kresle ministra pôdohospodárstva Z. Szimon (SMK), nastali problémy ohľadom priamych platieb poľnohospodárom. V roku 2003, teda tesne pred vstupom SR do EÚ, sa v návrhu štátneho rozpočtu SR hovorilo o doplatku na úroveň 50 percent, pričom Kodanský summit umožnil, aby prístupové krajiny mali možnosť doplatiť túto sumu z národných zdrojov, a to do výšky 55 percent.  Minister financií Ivan Mikloš uviedol, že vyššie percento by znamenalo ubrať zo zdrojov iným rezortom. To vyvolalo negatívne reakcie u poľnohospodárov.

Vtedajšia opozícia na čele so stranou SMER-SD počas druhej Dzurindovej vlády, kritizovala túto neúplnú mieru platieb, no napriek tomu, tá istá situácia nastala aj v roku Ficovej vlády. V roku 2009 nedala vláda poľnohospodárom platby v plnej výške, ale znížila ich z možných 30% národného doplatku (príspevok od EÚ je 70%, pozn.) kryl už len 20% a odoprela tak poľnohospodárom 40,5 milióna eur. V ostatných rokoch Ficovej vlády sa priame platby uskutočňovali podľa rozsahu, ktorý bol stanovený EÚ.