V rámci reformy v rokoch 2003-2004 došlo k transformácii predovšetkým malých a stredných nemocníc z verejnoprávnych spoločností na akciové spoločnosti a neziskové organizácie.

K 20. februáru 2006 (str. 8) vzniklo 6 akciových spoločností. Jednalo sa o: Národný ústav srdcových a cievnych chorôb, Stredoslovenský ústav srdcových a cievnych chorôb, Východoslovenský ústav srdcových a cievnych chorôb, Nemocnica Poprad, Východoslovenský onkologický ústav a Leteckej vojenskej nemocnice v Košiciach.

Žiadna z týchto akciových spoločností nebola zrušená a všetky menované nemocnice v súčasnosti existujú v transformovanej právnej forme.