Podľa Finančnej správy SR je pravdou, že obdobie podávania daňových priznaní sa pokladá za hektické, problémy so systémom podľa denníka SME.sk nastali v roku 2018, kedy nebolo možné sa pripojiť na stránku finančnej správy deň pred záverečným odovzdávaním daňových priznaní 2. apríla 2018. V roku 2014 bola aplikácia VREF, ktorá umožňuje on-line požiadať o vrátenie DPH z cudziny niekoľko dní nefunkčná. Jej opätovné fungovanie nastalo 9. 1. 2014 v skorých ranných hodinách. 

V roku 2015 Finančná správa SR kúpila nový systém, ktorý nahradí doterajší systém RDS od spoločnosti Novitech. Prvý krát chcela Finančná správa systém RDS nahradiť pred troma rokmi za systém KONS, avšak po jeho kolapse v roku 2012 sa opätovne začal používať systém RDS. Z kolapsu bol najskôr obvinený šéf Finančnej správy Miroslav Mikulčík, avšak prokuratúre chýbal úmysel, ktorý by dokazoval vedomé smerovanie daňovej správy do kolapsu, na základe čoho bol zbavený ovinení. 

Finančná správa je kritizovaná za časté výpadky a nefunkčnosť systému, avšak nejedná sa iba o výpadky počas obdobia odovzdávania daňových priznaní. 

Od 1.1.2018 sa povinná elektronická komunikácia rozširuje na všetky právnické osoby zapísané v obchodnom registri a od 1.7.2018 aj na všetky fyzické osoby. Počas obdobia odovzdávania daňových priznaní, Finančná správa posilňuje informovanosť, predĺžením call-centier do polnoci konkrétneho dňa a nasadením väčšieho množstva zamestnancov na príslušné úrady.