Čistý deň je nezisková organizácia, ktorá vznikla 15. mája 2000 registráciou na Krajskom úrade v Trnave v zmysle zákona č. 213/1997 Z.z. o neziskových organizáciach poskytujúcich všeobecne prospešné služby. Resocializačné zariadenie Čistý deň spravuje nezisková organizácia Čistý deň, ide teda o súkromnú inštitúciu. 

To však neznamená, že nedostáva financie aj z verejných prostriedkov. Trnavský samosprávny kraj (TTSK) poskytol tejto orgnaizácii za posledných desať rokov finančné príspevky za viac ako milión eur: "Peniaze jej vypláca podľa zákona o poskytovaní sociálnoprávnej ochrany detí a sociálnej kurately. Určené sú na materiálno-technické zabezpečenie prevádzky a na vytvorenie podmienok pre výkon resocializácie." Zariadenie tiež v minulosti získalo od štátu dotácie na rekonštrukciu budovy, pričom ich oprávnenosť je spochybňovaná. Okrem toho získava zariadenie finančné prostriedky z ústredia práce, ktoré: "...s nimi podpíše zmluvu na každé jedno umiestnené dieťa. V teréne to funguje tak, že sociálna pracovníčka dá návrh na umiestnenie dieťaťa do konkrétneho centra na súd a po súdnom rozhodnutí štát financuje jeho pobyt. Ide o vyše 1 220 eur na jedného chovanca ročne." Portál aktuality.sk v článku podrobne rozoberá použitie verejných prostriedkov zariadením Čistý deň.

S resocializačným strediskom Čistý deň sa spája niekoľko káuz. Mediálny záujem vzbudilo zariadenie prvý krát kvôli obvineniu zo sexuálneho zneužívania klientiek zamestnancami Čistého dňa. Príbeh znásilnených dievčat sa objavil na blogu poslankyne Natálie Blahovej (zariadenie v príspevku priamo nemenuje). 

V komentári Dennika N sú uvedené ďalšie potencionálne podozrivé skutočnosti, ako možný stret záujmov spoluzakladateľky Čistého dňa Zuzany Mikovej Tománkovej, ktorá bola v minulosti riaditeľkou generálneho sekretariátu Výboru ministrov pre drogové závislosti na Úrade vlády, či údajné vyhrážky vedenia Čistého dňa smerované na redaktorku TV Markíza. Ústredie práce a ministerstvo práce však bezodkladne nekonali.

Akreditačná komisia rezortu odporučila odobrať resocializačnému stredisku Čistý deň akreditáciu už v septembri 2016. Informovala o tom tlačová agentúra TASR, ktorá sa odvoláva na vyjadrenie tlačového odboru Ministerstva práce, sociálnych vecí a rodiny Slovenskej republiky. Rezort ministra však akreditáciu okamžite nezrušil. 6. februára 2017 informovali aktuality.sk vo svojom článku o blokovaní rozhodnutia o odobratí akreditácie zo strany ministra Jána Richtera. Svoje rozhodnutie zdôvodňuje tým, že dôkazy nie sú presvedčivé. Ombudsmanska Jana Dubovcová kritizovala postupy v mimoriadnej správe. Denník SME v marci 2017 zverejnil rozhovor s jedným z dvoch členov akreditačnej komisie, ktorý sa na protest voči rozhodnutiu ministra rozhodli odísť. 

V júni 2017 podal protest generálny prokurátor Jaroslav Čižnár vo veci nezákonných postupov ministerstva práce a ignorovaní podstatných dôkazov zistených v kauze Čistý deň. Až po týchto výzvach sa ministerstvo vyjadrilo za odobratie akreditácie a polícia obvinila bývalého zamestnanca zo sexuálneho zneužívania. 

Pravda informovala o rozhodnutí ministerstva pripraviť rozhodnutie "...o zrušení akreditácie resocializačnému stredisku Čistý deň...", pričom sa odvoláva na vyjadrenie Daniely Rodinovej z tlačového odboru ministerstva práce.Akreditácia je však do dnešného dňa stále platná. Informuje o tom i samotné zariadenie na svojich webových stránkach, spolu s dátumom platnosti akreditácie do 6. septembra 2018. Podľa krátkej správy Denníka N, deti sa naďalej nachádzajú v zariadení. Odvolávajú sa na vyjadrenie hovorcu ministerstva práce.