Podľa životopisu Jána Budaja na stránkach Ústavu pamäti národa, v roku 1990, skutočne, na verejnosť prenikli správy o jeho údajne spolupráci s ŠtB. Tá zaevidovala Budaja už na začiatku 70.rokov a väčšinu času bol vedený ako "nepriateľská osoba". V jedno obdobie bol, ale preevidovaný do kategórie tajný spolupracovník. Ďalšie dokumenty sa v archívoch nenachádzajú a podľa životopisu boli účelne z archívov vytiahnuté. Ako je podotknuté na webstránke UPN, mnohé ďalšie dokumenty poukazujú na skutočnosť, že Ján Budaj s ŠtB nikdy aktívne nespolupracoval. Budaj obvinenia dlhodobo odmieta, aj keď spočiatku priznal, že spoluprácu podpísal, aby mohol získať pas, ale aktívne nikdy nespolupracoval. Keďže nijaké iné dokumenty spoluprácu Budaja s ŠtB nepotvrdili, výrok hodnotíme ako zavádzanie.

Ján Budaj sa narodil v roku 1952 v Bratislave. Po strednej škole sa neúspešne pokúsil prejsť cez železnú oponu. Z vysokej školy bol vylúčený s odôvodnením, že nemal dostatočné politické predpoklady pre povolanie učiteľa. Pracoval ako kurič a pomocný pracovník v rôznych podnikoch, venoval sa organizovaniu nezávislej kultúry, spolupracoval s tajnou cirkvou, angažoval sa ako aktivista a organizátor rôznych protirežimových aktivít. Za svoje aktivity bol Budaj pod dozorom Štátnej bezpečnosti, ktorá sa ho snažila zdiskreditovať.