Podľa § 176 ods. 1 Trestného poriadku bola podaná prokurátorom Michalom Serbinom obžaloba na Ing. Ivana Lexu, JUDr. Gejzu Valjenta, CSc., Mgr. Róberta Beňu, JUDr. Milana Lovicha, Petra Skruteka, Romana Kuciaka, Igora Kurtiša, Mgr. Michala Hrbáčka, Ing. Luboša Kosíka, Ing. Martina Lieskovského, Miroslava Šegitu, Jozefa Zoššáka a Igora Majtána, ktorí ako členovia organizovej skupiny, v ktorej boli rozdelené úlohy v úmysle poškodiť Michala Kováča ml., ktorého mali sledovať, násilne zadržať a odvliecť do Rakúska.  Na skutku sa mali podieľať tak, že obvinený Ing. Ivan Lexa ako riaditeľ SIS mal dať ústny pokyn Mgr. Michalovi Hrbáčkovi na vytvorenie organizovanej skupiny osôb z civilného sektoru na plnenie špeciálnych úloh pre potreby SIS a použitie tejto skupiny pri zadržaní Michala Kováča ml. 

Prípad je ale právoplatne ukončený oslobodením Ivana Lexu z roku 2005 s odôvodnením, že prípad súvisí s Mečiarovými amnestiami a tým pádom je vyšetrovanie ukončené.