Prezident Kováč mal voči Slovenskej informačnej službe viacero výhrad. Podľa neho SIS bola podriadená vládnucej strane HZDS a jej pracovníci boli prijímaní "zmocnencami, ktorých zmocnila vláda". Okrem toho poukázal aj na skutočnosť. že republika nebola spravodajsky krytá. 

Po odmietnutí prezidenta vymenovať Ivana Lexu za riaditeľa novovznikajúcej SIS, bol do funkcie menovaný Vladimír Mitro, ktorý v roku 1995 z funkcie odstúpil pre politický tlak zo strany Vladimíra Mečiara, ktorý od neho údajne požadoval sledovanie nepohodlných novinárov. Ešte pred touto udalosťou v roku 1994 poslanci za HZDS presadili zmenu zákona č.46/1993 Z. z.  o Slovenskej informačnej službe, aby riaditeľa SIS namiesto prezidenta vymenúvala vláda. Vtedajší predseda vlády Vladimír Mečiar následne 18. apríla 1995 menoval Lexu do funkcie riaditeľa SIS. Na tomto poste pôsobil až do roku 1998. 

Tajná služba pod vedením Lexu bola podľa jeho kritikov zapletená do niektorých nezákonných činností. Najviac medializovanými prípadmi boli zavlečenie Michala Kováča ml. do Hainburgu, následná vražda Róberta Remiáša alebo sabotáž bývalých funkcionárov SIS proti exprezidentovi Michalovi Kováčovi. Počas riaditeľovania Ivana Lexu Slovenská informačná služba bola vylúčená z organizácie Middle European Conference preto, že bola takmer od prvej chvíle podozrivá, že sa podieľala na únose slovenského občana do cudziny. Správa ďalšieho riaditeľa SIS Vladimíra Mitra z roku 1999 konštatuje nadštandardné vzťahy SIS počas riaditeľovania Lexu s terajšou ruskou tajnou službou.