Na Kaliňáka podali podnet Veronika Remišová a Ľubomír Galko za neúplné informácie v majetkovom priznaní. Výbor pre nezlučiteľnosť funkcií sa s prípadom začal zaoberať v júni, ale na septembrovom zasadnutí sa poslanci nakoniec nezhodli na žiadnom uznesení. Kaliňák na rokovaní fyzicky prítomný nebol. Výborom určený spravodajca Peter Kresák sa skutočne vyjadril, že v prípade kontokorentného úveru ide  o bežné čerpanie finančných prostriedkov. Výbor sa s prípadom ďalej nebude zaoberať a Kaliňákovi neodsúhladili žiadnu pokutu. Výrok hodnotíme ako zavádzajúci.

Výbor NRSR pre nezlučiteľnosť funkcií začal riešiť prípad Roberta Kaliňáka na zasadnutí 16. júna 2016. Na Kaliňáka podali podnet Veronika Remišová a Ľubomír Galko z dôvodu porušenia ústavného zákona o ochrane verejného záujmu pri výkone funkcií verejných funkcionárov, malo ísť o neúplné oznámenie. Na tomto zasadnutí sa výbor dohodol na začatí konania za "neúplné oznámenia podávané za roky 2014, 2015 a 2016 verejným funkcionárom Róbertom Kaliňákom podpredsedom vlády a ministrom vnútra a za spravodajcu výboru vo všetkých troch konaniach navrhol p. poslanca Kresáka." (zdroj: Zápisnica z 3. zasadnutia výboru, (.doc))

Na štvrtom zasadnutí výboru 16. septembra sa mali rozhodnúť poslanci o prípade Kaliňáka. Spravodajca Peter Kresák informoval výbor o zisteniach: "Verejný funkcionár sa k uzneseniam vyjadril listami zo dňa 29.6.2016 v ktorých uviedol, že kúpu 17 akcií obchodnej spoločnosti B.A. Haus, a.s., ktorých menovitá hodnota nepresahuje 35-násobok minimálnej mzdy, keďže menovitá hodnota jednej akcie je 332 eur nebol povinný uviesť do oznámenia. A práve preto, že kúpou týchto akcií prevzal aj pohľadávky viažuce sa k akciám, uviedol tieto akcie do oznámenia za rok 2013, čím si povinnosť uloženú zákonom splnil. Rovnako uviedol, že existenciu kontokorentného úveru neuviedol z dôvodu, že ide o kombináciu vkladového účtu a úverového účtu, ktorý je možné nazvať aj ako povolené prečerpanie peňazí na účte aj svojich charakterom totožný s bežne používanou platobnou kartou a vinkulovanou čiastkou k nej viazanou, ktorú má aj ktorýkoľvek občan tejto krajiny. V prípade, ak by sa kontokorentný úver považoval za záväzok voči tretej osobe v zmysle čl. 7 ods. 4 písm. d) ústavného zákona, dopustil by sa tohto porušenia každý verejný funkcionár, ktorý je držiteľom kreditnej karty alebo vlastníkom debetného účtu a túto skutočnosť neuviedol v príslušnom oznámení (...).  Verejný funkcionár ďalej uviedol, že postup výboru, ktorý začal tri konania voči jeho osobe nie je správny, a že konanie, ktoré sa mu kladie za vinu a ktorého sa mal dopustiť je nutné považovať za jeden skutok. (...) V závere svojho vyjadrenia žiada konanie voči jeho osobe zastaviť." (zdroj: Zápisnica VNF 4. schôdza (.doc))

Spravodajca navrhol zastaviť konanie v časti týkajúcej sa kontokorentného úveru  s tým, že "ide o čerpanie finančných prostriedkov, ktoré sa bežne používajú". Výbor sa na ďalšom prešetrení prípadu nedohodol. "Pri hlasovaní o návrhu uznesenia boli prítomní 14 členovia Výboru Národnej rady Slovenskej republiky pre nezlučiteľnosť funkcií. Za návrh uznesenia hlasovalo 5 členov výboru, žiaden člen výboru nehlasoval proti, hlasovania sa zdržalo 9 členov výboru. Výbor Národnej rady Slovenskej republiky pre nezlučiteľnosť funkcií neprijal platné uznesenie, nakoľko návrh uznesenia nezískal súhlas nadpolovičnej väčšiny prítomných členov výboru." (zdroj: Výpis zo zápsnice, (.rtf))

Konanie tak poslanci zastavili. Ak by ale poslanci vyšetrovanie nezastavili, minister by musel zaplatiť pokutu vo výške tisíc eur. Členovia výboru sa zhodli, že ide o dieru v zákone, ktorý treba v budúcnosti prerobiť.