Po vymenovaní novej vlády pod vedením Roberta Fica 4. apríla 2012 do ministerského kresla zasadol Dušan Čaplovič, ktorý počas svojho funkčného obdobia plánoval zmeny v kľúčových školských zákonoch, jeho funkčné obdobie však bola poznačené viacerými škandálmi.

Jeho meno sa tiež spája so štrajkom učiteľov (7.5.2013), ktorého požiadavky však zostali nenaplnené. Čaplovičovi bolo počas jeho pôsobenia vyčítané taktiež plytvanie s finančnými prostriedkami, či niektoré tendre.

Dušan Čaplovič podal 2. júla 2014 demisiu a na jeho miesto zasadol Peter Pellegrini, ktorý ohlásil príchod veľkých zmien v rezorte školstva. Malo ísť o zmeny v organizačnej štruktúre, personálne výmeny na dôležitých miestach, prepúšťanie zamestnancov a reorganizáciu podriadených subjektov. Spomínané reformy však nestihol dotiahnuť do konca a po piatich mesiacoch od svojho vymenovania rezort opustil aby nahradil Pavla Pašku, odstupujúceho z funkcie v súvislosti s prevalenou kauzou predraženého nákupu CT, vo funkcii predsedu parlamentu.

Na jeho miesto bol v novembri 2014 dosadený nestraník Juraj Draxler, ktorý počas Pellegriniho funkčného obdobia pracoval ako jeho poradca, neskôr bol menovaný na funkciu štátneho tajomníka. Prišlo k zavedeniu systému duálneho vzdelávania, zmene vo výučbe cudzích jazykov, či celoplošné prideľovanie identifikačných čísel žiakom a študentom od materskej až po vysokú školu, ktorým budú zaradení do rezortného informačného systému (RIS).