O navrhovaných zmenách trestného zákona vláda skutočne rokovala s Európskou komisiu koncom novembra 2023, zaslala jej tiež paragrafové znenie úprav. Už v decembri Európska komisia vyjadrila svoj nesúhlas, keď slovenskú vládu vyzvala, aby zmeny neuskutočnila urýchlene a bez riadnej konzultácie na štátnej aj európskej úrovni. V kritickom uznesení prijatom v januári 2024 Európsky parlament vyjadruje obavu o schopnosť Slovenska bojovať proti korupcii a chrániť finančné záujmy EÚ v prípade, že slovenský parlament návrh schváli. Výrok hodnotíme ako pravdivý.

Európska komisia pre Denník N potvrdila, že slovenská vláda s ňou o plánovaných zmenách v trestnom zákone a zrušení špeciálnej prokuratúry komunikovala. O ich návrhu sa premiér Robert Fico, minister obrany Robert Kaliňák a minister spravodlivosti Boris Susko stretli s eurokomisárom pre spravodlivosť Didierom Reyndersom 27. novembra 2023. O pár dní na to, 1. decembra 2023, vláda komisii zaslala tiež paragrafové znenie návrhu.

Novelizáciu trestného zákona parlament 26. januára 2023 posunul do druhého čítania. O novele sa v súčasnosti (január 2024) rokuje v skrátenom legislatívnom konaní. Zákon okrem zrušenia Úradu špeciálnej prokuratúry navrhuje napríklad zmiernenie trestov za korupciu a drogy, uprednostňuje alternatívne tresty namiesto väzenia, ako napríklad nosenie elektronického náramku, verejnoprospešné práce či domáce väzenie. Návrh tiež mení výšky a podmienky trestných činov. Napríklad pre trestný čin krádeže zvyšuje výšku minimálnej z 266 na 700 eur (.pdf, s. 12, § 125 odsek 1). Teda zatiaľ čo podľa aktuálne platnej legislatívy by bola krádež spôsobujúca škodu do výšky 699 priestupkom, podľa návrhu by bola priestupkom.

Komisia vládu v reakcii vyzvala, aby ,,nepokračovala v zamýšľaných zmenách a doplneniach" a aby sa ,,neuchyľovala k zrýchlenému postupu bez riadnej a dôkladnej konzultácie so zainteresovanými stranami na vnútroštátnej a európskej úrovni." Hovorca komisie pre oblasť spravodlivosti Christian Wigand v decembri 2023 tiež upresnil, že komisia je pripravená prerokovať znenie zákona podrobnejšie. Slovenskej vláde tiež odporúčala konzultáciu s Benátskou komisiou Rady Európy.

Poslanci a poslankyne Európskeho parlamentu 17. januára 2024 prijali uznesenie, v ktorom vyjadrili obavu nad „schopnosťou Slovenska bojovať proti korupcii a chrániť rozpočet EÚ“ v prípade, že sa novela trestného zákona schváli.