Rozdeľovanie eurofondov na výskum a vývoj sprevádzalo v roku 2017 viacero vážnych pochybností. Musel kvôli nim odstúpiť exminister školstva Peter Plavčan. Napriek tomu, že podozrenia viedli k začatiu vyšetrovania OLAF-u aj slovenskej polície, zatiaľ nie sú známe výsledky. Žiaden súd doposiaľ nepotvrdil, že v kauze bol spáchaný trestný čin. Pre tvrdenie Michala Trubana o „rozkrádaní” tak neexistuje faktický základ. Hodnotíme ho preto ako nepravdu. Tím Michala Trubana pre Demagóg.SK uviedol, že výrok považuje za neoveriteľný, pretože nepoznáme výsledky vyšetrovania. Truban odkazuje na kauzu rozdeľovania eurofondov na výskum a vývoj z leta 2017. Agentúra patriaca pod Ministerstvo školstva mala k dispozícii takmer 700 miliónov eur.  Prvý balík, 288 miliónov eur, mal ísť na podporu dlhodobého strategického výskumu. Medzi úspešnými uchádzačmi o peniaze boli najmä súkromné firmy - žiadna z veľkých univerzít. Rektori preto poslali ministrovi školstva Petrovi Plavčanovi kritický list. Vyhodnotenie žiadostí označili za „nekorektné a netransparentné”, kritizovali odbornosť hodnotiteľov.  Druhý balík peňazí, vyše 300 miliónov eur, mal ísť na priemyselné výskumno-vývojové centrá. Niektoré podporené firmy mali nízke obraty, málo zamestnancov a len málo spoločné s vedou. Viaceré si tiež na poslednú chvíľu menili predmet podnikania, aby splnili podmienky. Jedna z firiem prehovorila o tom, že si od nej mal hodnotiteľ pýtať úplatok 20 percent zo žiadanej sumy - ten to odmietol.  Najvyšší kontrolný úrad pri preverovaní „nezískal primerané uistenie, že výber hodnotiteľov do zoznamu hodnotiteľov bol transparentný a vhodnosť hodnotiteľov bola objektívne posudzovaná“ (pdf, str.10).  Európska komisia Slovensku na čas pozastavila preplácanie peňazí a obrátila sa na Európsky úrad boja proti podvodom (OLAF), aby podozrenia preveril. Slovenská polícia začala v prípade trestné stíhanie. V marci 2019 vyšetrovanie tak OLAFU ako aj slovenských orgánov stále prebiehali.  Rozdeľovanie prvého balíka minister Plavčan po kritike zrušil. Pri vysvetľovaní kauzy priznal chyby, na otázky novinárov však viackrát neodpovedal. V auguste 2017 z funkcie po masívnej kritike odstúpil.