Ako uvádza napríklad denník Pravda, alebo komentátor českého ekonomického portálu E15 David Klimeš, v súvislosti so superhrubou mzdou v ČR sa zmieňuje niekoľko problémov:

- neprehladnosť systému: pre zamestnanca je pomerne obtiažne pochopiť logiku zdaňovania svojej mzdy keďže "zamestnanci platia daň aj z odvodov, ktoré za nich platí zamestnávateľ. V skutočnosti tak platia dane aj z toho, čo nezarobia."

- (ne)zjednodušenie systému: koncept superhrubej mzdy mal preniesť platbu odvodov v plnej miere na plecia zamestnancov. Nestalo sa tak, naďalej časť mzdy platí zamestnávateľ a časť zamestnanec. Zvýšil sa iba základ výmeru daní o "zamestnávateľské" odvody

- regresívna daň: najväčšou výhradou voči českej verzii superhrubej mzdy je faktická regresívnosť daňového systému, keď v dôsledku maximálneho vymeriavacieho základu platili zamestnanci s nadštandardným príjmom percentuálne nižšie dane ako nízkopríjmový zamestnanci.

Problémy v súvislosti s daňovými nedoplatkami pri práci v zahraničí sa nám nepodarilo nájsť, čo však neznamená, že neexistujú.