Kauza eurofondov vypukla v júni 2017 po zverejnení neschválených projektov v rámci žiadosti o nenávratný finančný príspevok na podporu dlhodobého strategického výskumu a vývoja v oblasti špecializácie RIS3 SK. 

Prvá výzva, ktorá sa zameriavala na podporu priemyselných výskumno-vývojových centier (PVVC) bola vyhlásená 31. mája 2016 a indikatívna výška finančných prostriedkov zo zdrojov EÚ vyčlenených na túto výzvu predstavovala 256 000 000 eur. K výške zdrojov EÚ bola vyčlenená príslušná výška finančných prostriedkov štátneho rozpočtu v súlade so Stratégiou financovania európskych štrukturálnych a investičných fondov pre programové obdobie 2014 – 2020. Spomínaná výzva bola ukončená ku dňu 31. decembra 2016. Ako dôvod výskumná agentúra uviedla presiahnutie disponibilnej indikatívnej výšky finančných prostriedkov vyčlenených na výzvu. 

Druhá sporná eurofondová výzva na podporu dlhodobého strategického výskumu a vývoja (DSV) obsahovala finančné prostriedky z EÚ v hodnote 288 000 000 eur. Táto výzva bola zrušená 18. septembra 2017 a ako dôvod ministerska Lubyová uviedla podstatnú zmenu podmienok, ktorou bola „úprava rozsahu žiadateľov v nadväznosti na potrebu zabezpečenia zdrojov financovania pre verejné výskumné inštitúcie“. Komunikačný odbor Ministerstva školstva SR ďalej informoval, že v rámci tejto výzvy nebolo vydané žiadne rozhodnutie o schválení finančného príspevku a nebola tak podpísaná ani jedna zmluva. 

Na kontroverzné rozdeľovanie eurofondov na vedu a výskum sa pozrie aj Úrad pre boj proti podvodom (OLAF). Európska komisia sa vyjadrila, že: „Čo sa týka predmetných výziev, do dnešného dňa neboli komisii vykázané žiadne výdavky. Na základe analýzy celej záležitosti komisia slovenské orgány informovala, že žiadosti o platbu v rámci predmetných výziev spracuje až po ukončení kontroly výberového procesu a prijatí primeraných nápravných opatrení.“ 

V súvislosti s kauzou rozdeľovania eurofondov žiadala opozícia odchod ministra školstva Petra Plavčana a aby sa SNS vzdala rezortu školstva. Remišová sa k tomu vyjadrila nasledovne: „Odvolanie ministra Plavčana za obrovský škandál s peniazmi určenými na vedu a výskum by bolo minimálnym gestom slušnosti voči občanom.“