Peter Pellegrini podporoval stratifikácu nemocníc, jeho spolustraníci a viacerí koaliční partneri však nie. Ministerstvu zdravotníctva unikol pracovný zoznam rozdelenia nemocníc. Tvrdenie Petra Pellegriniho preto hodnotíme ako pravdivé.  Stratifikácia nemocníc za Petra Pellegriniho Plán reformy nemocníc sa zostavoval 3 roky do roku 2019. Vtedajšia ministerka zdravotníctva Andrea Kalavská predstavila tzv. stratifikáciu nemocníc s tým, že pokiaľ by bola schválená parlamentom, malo sa s jej implementáciou začať od roku 2020.  „Začiatkom by bol zber údajov či sledovanie indikátorov kvality,” povedala Prvé dva roky by mali mať nemocnice priestor na stanovenie a dosiahnutie limitov, ktoré si mali samé určiť podľa množstva výkonov. Až podľa ich (ne)splnenia sa malo rozhodnúť o tom, či im zdravotné poisťovne zazmluvnia dané výkony.  Peter Pellegrini predstavoval ako premiér reformu zdravotníctva spoločne s vtedajšou ministerkou Andreou Kaľavskou. Po nepredložení reformy na rokovanie vlády 3. júla 2019 sa Pellegrini nechcel k reforme vyjadrovať, v auguste vyzdvihol stratifikáciu ako „veľmi potrebnú”. Po stiahnutí reformy z rokovania parlamentu Kaľavská podala demisiu, od ktorej sa ju snažil Pellegrini neúspešne odhovoriť. Stratifikácia nemocníc za Vladimíra Lengvarského Podľa neoficiálneho zoznamu, ktorým koloval medzi novinármi a má ním disponovať minister zdravotníctva, sa majú nemocnice rozdeliť do piatich úrovní „od najvyššej národnej úrovne, cez koncovú, komplexnú a regionálnu až po najnižšiu, komunitnú úroveň”, na základe ktorých by mali niektoré nemocnice zmeniť zameranie svojho výkonu.  Hovorkyňa ministerstva zdravotníctva nepotvrdila ani nevyvrátila pravosť zoznamu. Ministerstvo existenciu interného zoznamu pripúšťa, no jeho zverejnenie plánuje až po diskusii s povolanými subjektmi. O existencii zoznamu hovoria aj riaditelia nemocníc. O tajnom zozname, podľa ktorého by sa mali niektoré nemocnice rušiť, verejne hovoril Pellegriniho spolustranník Richard Raši.  Spoluautor reformy nemocníc, Oskar Dvořák, v rozhovore pre Denník N oznámil, že žiaden konečný zoznam nemocníc zatiaľ neexistuje a oficiálne rozdelenie stratifikácie nemocníc bude zverejnené až po komunálnych voľbách budúci rok, najpravdepodobnejšie v decembri 2022.