Polícia a prokuratúra roky čelili kritike, že si nevedia poradiť s korupciou resp. stíhaním tzv. veľkých rýb. Mnohí sudcovia a vysokopostavení justiční funkcionári dnes čelia obvineniam, niektorí sedeli či sedia vo vyšetrovacej väzbe. Tvrdenie Zuzany Čaputovej hodnotíme ako pravdivé. Robert Kaliňák v roku 2016 povedal, že „na to, aby sa stíhala korupcia na najvyšších poschodiach, by ju museli tí najvyšší predstavitelia páchať.“ Odpovedal tak na otázku, prečo na Slovensku neprebiehajú stíhania na najvyšších poschodiach politiky.  „Počet odsúdených za korupciu klesol v posledných dvoch rokoch oproti prvej polovici dekády o pätinu a aj v tých prípadoch ide len o malé ryby, z ktorých 94% dostane len podmienečný trest. Takmer polovica odsúdených za korupciu sa týka úplatkov do sto eur,” konštatovala v roku 2017 Transparency Slovensko.  Vyšetrovaní sudcovia a justiční funkcionári Za posledný rok boli Národnou kriminálnou agentúrou zadržaní a obvinení viacerí vysokí štátni či justiční funkcionári.  Medzi prvých patrila bývalá niekdajšia štátna tajomníčka ministerstva spravodlivosti Monika Jankovská (nominantka Smeru-SD), ktorú po priznaní prepustili do domácej väzby.  V marci 2020 NAKA zatkla 13 sudcov v akcii Búrka. Nasledovala akcia Plevel v septembri 2020, pri ktorej boli zatknutí ďalší sudcovia, či predsedníčka Krajského súdu. Pri akcii Víchrica v októbri 2020 NAKA zatkla štyroch sudcov. Obvineným z trestnej činnosti je aj bývalý špeciálny prokurátor Dušan Kováčik. Vo väzbe ako obvinení sedia aj niekdajší policajní funkcionári Tibor Gašpar, Robert Krajmer a Peter Hraško.  Bývalý žilinský sudca a niekdajší predseda Okresného súdu Pavol Polka sa s prokurátorom dohodol na podmienke a peňažnom treste 150-tisíc eur.