SNS
U Jána Budaja dlhodobo sú vyhrády k jeho spojeniu s ŠtB.
Andrej Danko vysvetľoval, prečo nebol Ján Budaj (klub OĽaNO) zvolený za predsedu Výboru NRSR pre ľudské práva. Budajovo meno sa v minulosti objavilo na zoznamoch spolupracovníkov ŠtB, no ten to odmietol. Kedže Budajovi tieto pochybnosti pripomenul minimálne jeden poslanec SNS, výrok hodnotíme ako ešte pravdivý. Disident Ján Budaj je v zväzkoch Štátnej bezpečnosti (ŠtB) vedený v rokoch 1979 až 1981 ako agent s krycím menom Domovník. Kategória agent bola formou vedomej spolupráce s ŠtB. Budaj odmietol, že by niekedy akúkoľvek spoluprácoval s ŠtB. V minulosti spochybnil hodnovernosť zväzkov. Zverejnil výpovede príslušníkov ŠtB o tom, ako pri zápise agentov klamali. Väčšinu času bol Budaj v zväzkoch vedený ako nepriateľská osoba. Web Ústavu pamäti národa pripomína, že „zväzok a dokumenty, ktoré by mohli bližšie osvetliť jeho spoluprácu s ŠtB, sa v archívoch nenachádzajú a s najväčšou pravdepodobnosťou boli účelovo vytiahnuté spomedzi dokumentov ŠtB. Mnohé ďalšie dokumenty však poukazujú na skutočnosť, že Ján Budaj s ŠtB nikdy aktívne nespolupracoval.“ Podľa TASR sa v archívoch ÚPN našla oficiálna Správa ŠtB o činnosti za rok 1980, podľa ktorej „tajný spolupracovník, vedený pod menom Jána Budaja s ŠtB nespolupracoval, ale konal proti režimu.” Budajovi tieto pochybnosti v minulosti pripomenul okrem iných poslanec SNS Jaroslav Paška.